Misión
El apartado IV de la ya citada Instrucción 1159-31 señala las misiones de la Agrupación de Tropas Nómadas, que textualmente dice:
Queda excluida toda gestión o misión de policía en las localidades que quedarán a cargo de una Guardia Territorial, dependiente de la Presidencia del Gobierno y sin conexión con la Unidad que se organiza.

Misiones específicas de esta Agrupación, serán las siguientes:
-    Vigilancia del territorio y especialmente de las regiones fronterizas.
-    Información.
-    Aprehensión de malhechores y sospechosos aislados.
-    Persecución y destrucción de partidas de éstos, infiltradas y cuya cuantía no exija dar inmediata cuenta para la consecución de la misma empleando mayores medios.
-    Control, protección y asistencia de las tribus nómadas, asentadas en el territorio, con presencia del personal y confirmadas en sus campamentos o poblados.
-    Cuanto incumba a un eficiente servicio de policía en el campo.

Despliegue
La Agrupación  despliega en principio sus dos Grupos Nómadas de modo que el Grupo "Saguia el Hamra" queda afecto al Subsector Río Rojo y  el "Capitán La Gándara" al Subsector Río de Oro. El Mando y la Plana Mayor de la Agrupación en El Aaiún

Las  Unidades del "Sequia el Hamra" quedan ubicadas guarneciendo la zona norte del Territorio:
-    La Plana mayor del Grupo en Smara.
-    La Primera Compañía en Daora.
-    La Segunda Compañía en Smara.
-    La tercera Compañía en El Farsía.

El Grupo  "Capitán La Gándara" desplegó en la zona sur.
-    La  Plana Mayor del Grupo en Villa Cisneros.
-    La Primera Compañía en Ausert.
-    La Segunda Compañía en Tichla.
-    La Sección Reforzada en la Güera

Posteriormente con la creación en 1964 de un nuevo Grupo con la denominación  de "Smara" (que será el Tercero), el despliegue de la Agrupación sufre las  lógicas variaciones, así  la zona asignada en principio al Grupo "Saguia el Hamra", que se le numerará como Tercero, se divide en dos, quedando la parte occidental en responsabilidad de éste Grupo y la oriental para el nuevo Grupo I.

El nuevo despliegue de la Agrupación es:

Mando y Plana Mayor de la Agrupación en Smara.
Grupo I "Saguia el Hamra"
•    Mando y Plana Mayor de Grupo y Compañía de Plana Mayor en Smara.
•    Una Compañía en Smara.
•    Una Compañía en Eschdeiría.
•    Una Compañía en Mahbes.
Como se puede ver desaparece la posición de El Farsia y surgen las de Eschdeiria y Mahbes.

Grupo II "Capitán La Gándara":
-    Mando y Plana Mayor de Grupo  y Compañía de Plana Mayor en Argub.
-    Una Compañía en Argub
-    Una Compañía en Bir Nzaran.
-    Una Compañía en Auserd
Desaparece la Compañía en Tichla que es sustituida por un destacamento tipo Sección  a camello.

Grupo III "Smara":
-    Mando y Plana Mayor de Grupo y Compañía de Plana Mayor en El Aaiún.
-    Una Compañía en El Aaiún.
-    Una Compañía en Daora.
-    Una Compañía en Hagunía.

Posteriormente el Grupo III traslada el  Mando, Plana Mayor de Mando, Compañía de Plana Mayor y una Compañía motorizada a Smara y de aquí, en un nuevo cambio toda esta fuerza ocupa la Base de Echera reemplazando al Grupo Ligero de Caballería  perteneciente a La Legión.

En El Aaiún queda la parte administrativa de la Agrupación.

El cumplimiento de las misiones
La seguridad y control del Sahara español en principio descansaba en la ubicación en determinados puntos del Territorio de unas Bases Avanzadas dependientes del Mando del Sector y que, por su localización  y número, podía deducirse que éste prestaba una mayor atención a la frontera con Marruecos que a la de Argelia y Mauritania.

Es guarneciendo estas Bases como  la Agrupación de Tropas Nómadas cumplía la misión asignada  y desde ellas desarrollaba los cometidos de:
-    Cobertura.
-    Defensa de importantes puntos del terreno.
-    Apoyo logístico.
-    Apoyo  a  Organismos Oficiales civiles si fuera preciso.
-    Apoyo humanitario al personal civil, tanto saharaui como europeo, si se diera el caso.

Estas funciones las lleva a cabo mediante:
-    Patrullas motorizadas y montadas de pequeña entidad, con gran velocidad, movilidad y fluidez aptas para permanecer sobre el terreno sin necesidad de apoyo de diez a quince días y por tiempo indefinido con el apoyo logístico correspondiente.
-    Organizando la defensa de la Base Avanzada incluso a toda costa, si así lo ordena el Mando; para ello una Compañía Nómada la ocupa permanentemente garantizando además de su defensa, el control de puntos del terreno de importancia, pozos, pasos difíciles, zonas que por sus condiciones geográficas sean paso habitual o canino natural de nomadéo, o bien útiles para los fines del Mando tanto de carácter militar como de control de población.
-    El apoyo logístico es posible realizarlo por disponer la Base de comida, agua, depósitos de combustible, pista de aterrizaje, enlace radio, posibilidades de efectuar pequeñas reparaciones de vehículos, alojamiento para el descanso y  asistencia sanitaria.

Es necesario puntualizar que todas las Unidades militares sin distinción de Armas destacadas en el Sahara, se caracterizaban por poseer autonomía propia por un tiempo limitado y al que ajustan sus recorridos por el desierto, por lo que prácticamente tienen cubiertas todas las necesidades esenciales para cumplir su misión.

Así pues, su paso por las Bases generalmente no se debe a causas logísticas, sino  que el itinerario coincide con  su emplazamiento y esta circunstancia es aprovechada para estrechar los lazos de amistad y compañerismo y a su vez, descansar durante un rato de la fatiga del camino.

El despliegue de la  Agrupación de Tropas Nómadas se materializa por la ocupación de unas Bases Avanzadas  con unidades tipo Compañía y el mantenimiento permanente de unas patrullas (dos por Compañía) sobre el terreno  dentro de la zona de responsabilidad de cada Base. Hasta 1967,  era norma establecida que cada cuatro meses las Compañías rotaran de una a otra, de modo que todas las unidades del Grupo conocían la zona de responsabilidad del mismo, a la vez que el estar durante cuatro meses en la cabecera del Grupo permitía una revisión a fondo de todo el armamento, vehículos, radios y material en general, sin menoscabo de mantener la programación reglamentaria de patrullas y el programa de Instrucción programado por el Mando y común a todas las Unidades de la Agrupación.